以下分类用于内窥镜检查中使用的工具的消毒级别。

首先，检查完成后，将摄像头带到内镜清洗工作站的水槽中进行清洁和消毒。

接下来，一边流水一边用酶清洁剂和海绵仔细清洗表面的污垢。

接着，用特殊的刷子清洗镊子开口（在进行活检等时插入处理器具的开口）和抽吸口的内部，以去除粘液等的粘附。

接下来，将摄像头放在专门设计的清洁和消毒机中，并在之前刷过的部分连接一个特殊的管子。

一种特殊的清洗剂和消毒剂在本机内循环，通过清洗剂和消毒剂在镜体内外高压流动，对镜体进行清洗和消毒。然后用大量的水冲洗示波器的内部和外部。之后，通过输送空气将水从内窥镜内部排出。此外，为了干燥内窥镜内部，在专用消毒机的钳口中注入酒精以去除水分。

正常的清洁和消毒过程会因水压等因素而异，但通常需要 20 分钟左右。在重复使用活检钳（用于收集部分组织的工具）等治疗工具时，需要仔细清洗外部，然后进行超声波清洁和消毒。一些医院也会使用一次性活检钳。

此外，在获得消化内镜学会认可的指导设施中，必须制定符合每个设施现状的清洁和消毒手册。